Soutenance de thèse de Julie NOAH

Le jury était composé de :

Daniel CROLL, Professeur des universités, Université de Neuchâtel                        Rapporteur & Examinateur
Laurence GODIARD, Chargée de recherche, INRAE, Université de Toulouse         Rapporteure & Examinatrice
Maël BAUDIN, Professeur junior, INRAE, Université d’Angers                                    Examinateur
Marie DUFRESNE, Professeure des universités, Université Paris Saclay                   Examinatrice
Fanny HARTMANN, Maîtresse de conférence, CNRS, Université Paris Saclay         Invitée

Résumé de la thèse : Leptosphaeria maculans est un champignon phytopathogène responsable de la nécrose au collet chez les crucifères et principalement chez le colza (Brassica napus). La méthode favorisée pour lutter contre ce champignon est de sélectionner des résistances monogéniques et de les introgresser dans les variétés de colza déployées au champ. Néanmoins, L. maculans a de grandes capacités d’adaptation et arrive à contourner les résistances monogéniques des variétés cultivées en quelques années. Dans ce contexte, il est nécessaire de trouver de nouvelles sources de résistances qui seraient plus durables que les résistances monogéniques actuellement utilisées. Pour cela, nous nous sommes intéressés à l’espèce Brassica carinata (moutarde d’Abyssinie), qui est une espèce proche génétiquement de B. napus et qui présente une résistance extrême à L. maculans. L’objectif de ma thèse est de déterminer les mécanismes de l’adaptation de L. maculans à différentes espèces de Brassica. Pour cela, il a fallu caractériser le statut de B. carinata par rapport à L. maculans. Nous avons pu déterminer le statut d’espèce non-hôte de B. carinata par rapport à L. maculans mais nous avons également identifié quelques isolats naturels capables d’infecter modérément cette espèce (meilleure adaptation de ces isolats que la moyenne des isolats de L. maculans infectant B. carinata). Grâce à ce matériel biologique, j’ai pu identifier des régions génomiques chez L. maculans impliquées dans l’adaptation à B. napus et à B. carinata. Quatre QTL de l’adaptation à B. napus et trois QTL de l’adaptation de à B. carinata ont été identifiés chez L. maculans et une étude des gènes présents dans ces intervalles QTL a été réalisée. Enfin, j’ai réalisé une analyse de transcriptomique comparative associée à des analyses de cytologie, qui m’ont permis d’identifier des gènes spécifiquement exprimés lors de l’infection sur l’une ou l’autre de ces deux espèces végétales ainsi que caractériser les processus d’infection lors d’interactions adaptées et non adaptées. Ce travail a permis de mettre en évidence différents mécanismes d’adaptation de L. maculans à différents hôtes et révèle également les risques d’émergence de souches nouvellement adaptées à des espèces pourtant très résistantes.