GET-A-PAN

Le réseau GET-A-PAN, créé en 2025, vise à rassembler les chercheurs et ingénieurs d’INRAE impliqués dans les aspects méthodologiques des analyses pangénomiques. L’ambition est de dynamiser les échanges et les projets collaboratifs afin d’accélérer la transition de la génomique vers la pangénomique au sein de l’institut. Une structuration durable et pluridisciplinaire, mobilisant l’ensemble des expertises disponibles, est essentielle pour exploiter efficacement les données de pangénomique et répondre aux enjeux informatiques et bioinformatiques associés.

La méthode standard d’analyse de variation génétique consiste à comparer les nouveaux génomes à un génome de référence pour en identifier les variations structurelles, mais cette approche comporte des biais. Ce problème est particulièrement marqué pour les espèces cultivées : les variétés rustiques ou sauvages, porteuses de variants d’intérêt (comme la résistance à la sécheresse ou aux maladies), voient souvent ces caractéristiques disparaître lors de la domestication, et donc absentes de la référence. Les graphes de pangénome offrent une solution en intégrant l’ensemble de cette diversité génétique et en facilitant l’analyse des variations les plus complexes.

Les membres du réseau ont collectivement participé à la rédaction d’un opinion paper centré sur les enjeux et attentes pour le développement de l’utilisation des graphes de pangenomes en agronomie (https://hal.inrae.fr/hal-05357866)

Les membres du réseau ont aussi participé à l’établissement d’un tutoriel pour l’établissement et l’utilisation de graphe de pangenomes : https://genotoul-bioinfo.pages.mia.inra.fr/pangenome_hackathon/

Site internet du réseau : https://pangenomes.mathnum.inrae.fr

Animateurs du réseau :

10 agents INRAE issus de 6 départements scientifiques (BAP, EcoDiv, GA, MathNum, MICA, SPE) :

• Johann Confais (BAP)
• Ludovic Duvaux (ECODIV)
• Thomas Faraut (GA)
• Christine Gaspin (MathNum)
• Guillaume Gautreau (MICA)
• Christophe Klopp (MathNum)
• Nicolas Lapalu (SPE - BIOGER)
• Fabrice Legeai (SPE)
• Benjamin Linard (MathNum)
• Matthias Zytnicki (MathNum)