Unité BIOGER : équipe ECCP

@lmetabolites

Présentation

Je suis phytopathologiste à INRAE depuis 2019 au sein de l’unité de recherche BIOGER (BIOlogy of fungal plant pathogens:  from GEnomes to agRo-ecosystems) située sur le Campus Agro Paris-Saclay à Palaiseau. Je co-anime l’équipe ECCP (Effectors of Cellular Communication at the fungal-Plant interface) qui s’intéresse aux effecteurs contribuant au pouvoir pathogène de deux champignons pathogènes de plantes, Botrytis cinerea et Colletotrichum higginsianum. Notre équipe s’intéresse également aux signaux de la plante perçus par ces champignons. Titulaire d’un doctorat de biologie et suite à un postdoctorat en chimie des substances naturelles, je travaille maintenant à l’interface biologie – chimie. Mes recherches visent à comprendre le rôle joué par les métabolites secondaires fongiques produits exclusivement au cours de l’infection de la plante hôte. Plus précisément, nous purifions les métabolites secondaires afin de déterminer leur structure puis de tester leurs activités notamment à l’aide de cribles biologiques en relation avec les défenses immunitaires des plantes. Je m’intéresse également à des activités biologiques ayant un potentiel de transfert élargi (antibiotiques notamment). Pour cela, j’utilise des approches de génétique moléculaire, de biologie synthétique, de biochimie, de chimie analytique et plus récemment, l’utilisation combinée de la métabolomique et de la protéomique pour identifier les cibles moléculaires végétales des métabolites fongiques.

Projets et financements

• PROLIFIC – Identification of specific interactions between proteins and ligands (2023-2025) – co-financement EUR SPS / INRAE SPE – Coordinateur
• UNCHAIN – Unlocking fungal chemical effectors involved in pathogenicity using synthetic biology (2021-2022) – financement INRAE SPE – Coordinateur
• PURFLASH – Acquisition d’une chromatographie Flash (2020) – co-financement Infrastructure SPS / INRAE SPE – Coordinateur
• Master2 internships Open Call – Axelle Deroubaix (2023) – OI Microbes – Coordinateur

Encadrements de thèse

• Axelle Deroubaix (2023-... ; directeur) – « Rôle des effecteurs non-protéiques dans l’interaction plante-champignon : focalisation sur le métabolisme spécialisé » – financement EUR Saclay Plant Sciences [Prix du meilleur poster JJC2024]
• Aude Geistodt-Kiener (2019-2023 ; co-encadrant) – « Étude du rôle des métabolites secondaires fongiques dans les interactions plante-agents pathogènes » – financement EUR Saclay Plant Sciences [theses.fr], [publication #1]

Publications