Utiliser la pangénomique par graphes en agronomie et biodiversité : ressources disponibles et obstacles

Dans une revue publiée dans le Peer Community Journal, un consortium regroupant des chercheurs/ingénieurs en bioinformatique dresse un état des lieux des outils et méthodes encore à développer pour exploiter pleinement les pangénomes sous forme de graphes en agronomie et en biodiversité. Ces graphes, construits à partir de plusieurs génomes complets d'une même espèce, permettent de s'affranchir du biais d'un génome de référence unique et ouvrent la voie à la détection de variants structuraux complexes, inaccessibles avec les approches classiques.

L'article identifie une série de verrous méthodologiques qui freinent encore l'adoption large de cette approche : l'absence de métriques standardisées pour évaluer la qualité d'un graphe, le manque d'outils de visualisation adaptés à des graphes comportant des centaines de millions de nœuds, la difficulté à représenter de façon univoque certains variants (répétitions, inversions, régions polyploïdes), ainsi que l'absence de format de fichier consensuel pour porter une annotation fonctionnelle (gènes, éléments transposables) directement sur la structure en graphe plutôt que sur un génome linéaire. Les auteurs soulignent également le manque de dépôts de données dédiés et interopérables pour partager ces graphes dans le respect des principes FAIR.

Cette publication, à visée prospective, est le fruit d'une collaboration entre les unités AGAP (Montpellier), DIADE (Montpellier), URGI (Versailles), IRISA (Rennes), BIOGECO (Bordeaux), MIAT (Toulouse), GDEC (Clermont-Ferrand), IGEPP (Le Rheu) et BIOGER (Palaiseau), et vise à mobiliser la communauté bioinformatique pour combler ces manques et accroître l'intérêt pour les pangénomes en graphe. Plusieurs collaborateurs de ce travail ont été financé par AgroDiv France 2030 program, reference ANR-22-PEAE-0005. Ce travail a aussi été porté par le réseau GET-A-PAN, lancé par l'INRAE en novembre 2025 pour structurer la communauté autour des méthodologies pangénomiques.

Référence : Bocs, S.; Carrette, C.; Confais, J.; Dubois, S.; Duvaux, L.; Klopp, C.; Lapalu, N.; Lasserre-Zuber, P.; Legeai, F.; Lemaitre, C.; Linard, B.; Marthe, N.; Pierre, B.; Sarah, G.; Sabot, F.; Tranchant-Dubreuil, C.; Zytnicki, M. Adopting graph-based pangenomics for agronomy and biodiversity studies: current resources and challenges. Peer Community Journal, Volume 6 (2026), article no. e86. https://doi.org/10.24072/pcjournal.781

Contact : Nicolas Lapalu, nicolas.lapalu@inrae.fr