Processus adaptatifs et épidémiologiques des interactions blé-champignons phytopathogènes

ADEP

Composition de l'équipe  |  Alumni  |  Publications  | Contrats & collaborations  |  Rejoignez nous !  |  Accès

Notre équipe étudie les processus adaptatifs et épidémiologiques des interactions entre le blé et ses champignons phytopathogènes. Nous caractérisons les déterminants et les conséquences de ces processus à différentes échelles. La finalité est de renforcer l'immunité du blé et de contrôler les sources d'inoculum, pour améliorer l'efficacité et la durabilité des stratégies de gestion des maladies, dans un contexte de changement climatique et de transition agroécologique. Notre principal modèle d'étude est Zymoseptoria tritici (septoriose) et, depuis peu, Puccinia graminis f. sp. tritici (rouille noire) considéré comme agent pathogène ré-émergent.

Les interactions entre les populations pathogènes et de leurs hôtes sont déterminées par la biologie du champignon, par la pression sélective exercée par la plante (espèce et variété) et par différents facteurs abiotiques (conditions climatiques). Les processus impliqués dans les dynamiques adaptatives sont généralement spécifiques des échelles temporelles (périodes intra- et inter-épidémiques) et spatiales (plante, champ, paysage). Ces considérations générales guident notre stratégie de recherche, qui repose sur quatre objectifs complémentaires :

1. Caractériser les processus responsables de la dynamique adaptative des populations pathogènes

2. Comprendre le déterminisme génétique et génomique de l'adaptation de Z. tritici et décrypter les mécanismes moléculaires de l'infection

3. Explorer le déterminisme et les conséquences épidémiologiques de la reproduction sexuée

4. Évaluer l'impact des interactions entre plantes cultivées et sauvages sur la balance bénéfice-risque de la diversification des cultures en système céréalier

Notre équipe est composée de trois scientifiques et de deux techniciennes, dont l'une partage ses activités en biologie moléculaire avec deux autres équipes. Nous bénéficions de l'appui de collaborateurs sous contrat (ingénieurs, chercheurs postdoctoraux) et de scientifiques en formation (doctorants et stagiaires de M1 ou M2). Nous sommes rattachés au LabEx SPS / OI C-BASC et affiliés aux écoles doctorales SEVE et ABIES.

photo équipe 2024.jpg

 

Dans ce dossier

bandeau présentation JPP Cécilia.jpg

Toutes nos félicitations à Cécilia Fontyn qui a été distingué par le prix "Young Plant Pathologist" pour le dernier article issu de sa thèse paru dans la section "Fresh Ideas in Plant Health" de la revue Journal of Plant Pathology.

Bandeau arrivée Ulysse et Alicia 2024.jpg

Ulysse Guillotteau et Alicia Culot ont rejoint l’équipe ADEP en octobre et novembre 2024 pour y réaliser leur thèse.

Amezrou 2024.png

La composante quantitative de la pathogénicité chez Zymoseptoria tritici et l'adaptation à son hôte ont été décryptées par le séquençage du génome complet du champignon suivi d'une étude d'association pangénomique. Cette étude, pilotée à BIOGER par Thierry Marcel, vient de faire l'objet d'un article dans la revue Nature Communications.

Une étude conduite par Thomas Bourgeois, doctorant au MNHN*, conduite en collaboration avec BIOGER, vient de monter que le collembole Heteromurus nitidus « broutait » les fructifications de Zymoseptoria tritici (septoriose) sur des tissus de blé infectés, diminuant ainsi la quantité d’inoculum disponible.

Prenant pour cas d’étude la rouille brune du blé, une étude expérimentale conduite à BIOGER a montré qu’une agressivité supérieure (composante quantitative de pathogénicité) peut compenser une absence de virulence, c’est-à-dire l’incapacité à infecter des variétés de blé porteuses d’un gène de résistance pourtant largement déployé.

vignette phéno bulk.jpg

Une étude conduite à BIOGER montre qu’il est possible d’estimer une fréquence de souches virulentes dans une population pathogène par un phénotypage « en vrac » sur des micro-couverts de blé en damier

ISCLB2024_00.jpeg

Plusieurs équipes de BIOGER étaient représentées à l'ISCLB2024 à Zürich, mettant en lumière la diversité des travaux menés sur la septoriose du blé au sein de notre unité. Cette participation a renforcé la visibilité internationale de nos recherches, désormais bien reconnues.

feuille de blé infectée par Puccinia striiformis f. sp. tritici

Des éléments de réponses à cette question viennent d’être apportés par Kevin Meyer et des collègues épidémiologistes de BIOGER dans le cadre du projet européen H2020 RustWatch.