Axe 1 - Caractériser les processus responsables de la dynamique adaptative des populations pathogènes

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Avec ce premier objectif nous cherchons à caractériser les processus épidémiologiques responsables des dynamiques adaptatives dans les populations de Z. tritici, en réponse à la variabilité de certains facteurs biotiques et abiotiques, ainsi qu'à des pressions de sélection uniformes vs. hétérogènes.

Les principaux axes d'investigation portent sur :

1.1. La mise en évidence d'adaptations locales multi-traits (virulence, agressivité, fitness) à différents facteurs. Les facteurs étudiés incluent les espèces hôtes (par exemple, le blé tendre vs. le blé dur), les variétés, et les variables climatiques (par exemple, température, humidité).

1.2. La compréhension des dynamiques adaptatives des populations dans des populations hôtes hétérogènes vs. uniformes. Nos recherches dans ce domaine visent à comprendre comment les populations de Z. tritici s’adaptent à des populations hôtes avec des niveaux de diversité et de complexité variables, et quelles en sont les conséquences épidémiologiques. L'objectif est de trouver un équilibre entre l'efficacité des mécanismes de résistance et leur durabilité à long terme. Les études de cas suivantes s’appuient sur le projet en cours, basé sur des collaborations nationales et internationales : les variétés locales en Tunisie en collaboration avec INRAE SADAPT, ISTOM et BNG ; les mélanges variétaux en France en collaboration avec ARVALIS et INRAE PHIM ; et la modélisation en collaboration avec INRAE SAVE, INRAE EcoSys et l'Université de Reading.

1.3. La caractérisation des processus épidémiologiques centrés sur l'inoculum. Cela consiste à étudier la dynamique de l'inoculum et son rôle dans les interactions hôte-pathogène au sein des populations. L'impact des résidus de culture en tant que source d'inoculum primaire et l'influence de leur microbiote – en particulier dans les mélanges variétaux – sont étudiés en collaboration avec l’équipe EPLM dans les projets ERA-NET WHEATSECURITY et GS Biosphera/SPE MYCOMIX.

1.4. La compréhension de l'adaptation de Z. tritici pour rendre les méthodes de contrôle plus durables. Notre équipe cherche à comprendre comment Z. tritici s’adapte aux combinaisons de méthodes de contrôle, en interagissant possiblement avec des molécules antifongiques, en collaboration avec l’équipe GAIA et ARVALIS.