Séquençage du génome de Colletotrichum destructivum

Dans une étude publiée dans le journal Microbial Genomics, un consortium emmené par l’équipe ECCP « Effectors of Cellular Communication at the fungal-Plant interface » et le plateau de bioinformatique de l’unité BIOGER (Campus Agro Paris-Saclay, INRAE Palaiseau) décrit un génome de référence pour l’espèce Colletotrichum destructivum, un champignon pathogène de plantes incluant les légumineuses Medicago truncatula et Medicago sativa. Outre le séquençage complet des chromosomes, cette étude a révélé la présence d’une région de 1,2 Mb ayant toutes les caractéristiques d’un mini-chromosome (peu de gènes, riche en éléments transposables, fréquences d’usage des codons différentes) au sein d’un chromosome essentiel (core chromosome). L’étude a également mis en évidence la présence de nombreuses duplications segmentales intra-chromosomiques au niveau de cette région.

Chez les champignons pathogènes, les mini-chromosomes sont souvent porteurs de gènes associés au pouvoir pathogène, peuvent être dispensables et sont facilement transférés de façon horizontale (entre individus sans impliquer de reproduction sexuelle). La genèse de cette région typique des mini-chromosomes n’a pu être déterminée, il n’a donc pas été possible de déterminer avec certitude si nous assistions à la naissance d’un mini-chromosome au sein d’un core chromosome ou si un mini-chromosome, éventuellement acquis par transfert horizontal, avait fusionné avec un core chromosome.

Cette étude a été réalisée en collaboration avec l’Université Friedrich-Alexander d’Erlangen (Allemagne) et l’URGI de l’INRAE de Versailles.

Référence :
Lapalu, N., Simon, A., Lu, A., Plaumann, P-L., Amselem, J., Pigné, S., Auger, A., Koch, C., Dallery, J-F. and O’Connell, R. J. (2024) Complete genome of the Medicago anthracnose fungus, Colletotrichum destructivum, reveals a mini-chromosome-like region within a core chromosome. Microbial Genomics 10 (8). https://doi.org/10.1099/mgen.0.001283

Contact : Richard O’Connell, richard.oconnell@inrae.fr ou Jean-Félix Dallery, jean-felix.dallery@inrae.fr